In de conceptderogatiebeschikking van de Europese Commissie zijn ook aanvullende voorwaarden opgenomen die gelden voor de Nederlandse landbouw als geheel en daarmee ook van invloed zijn op bedrijven die niet deelnemen aan derogatie. De (belangrijkste) aanvullende voorwaarden zijn:
Vanaf 2023 is het niet meer mogelijk een derogatievergunning aan te vragen voor percelen gelegen in grondwaterbeschermingsgebieden en in Natura 2000-gebieden. In grondwaterbeschermingsgebieden waar het nitraatdoel in grondwater niet is bereikt, gaat per 1 januari 2024 een pakket van verplichtende maatregelen gelden. De nadere uitwerking hiervan zal in samenhang met de gebiedsgerichte aanpak plaatsvinden. Nederland zal door nutriënten verontreinigde gebieden moeten aanwijzen, waar de laagste derogatienorm geldt. Dit zijn vanaf inwerkingtreding van de derogatiebeschikking de huidige ‘230-gebieden’ (ofwel de zuidelijke en centrale zandgronden en lössbodems). Vanaf 1 januari 2023 zullen ook de stroomgebieden van regionale waterlichamen, die slecht, ontoereikend of matig scoren voor nutriënten, worden aangemerkt als verontreinigde gebieden. Per 1 januari 2024 dient een definitieve aanwijzing van de verontreinigde gebieden plaats te vinden. Deze gebieden omvatten ten minste de in 2023 aangewezen gebieden, alsmede elk ander extra gebied waar de bijdrage van de landbouw aan de nutriëntenverontreiniging meer dan 19% van de totale nutriëntenbelasting bedraagt. De hoogte van de gebruiksnormen in de door nutriënten verontreinigde gebieden moet, voor zowel derogatiebedrijven als niet derogatiebedrijven, gradueel verlaagd worden zodat deze in 2025 generiek met 20% verlaagd zijn. De mestproductie in Nederland is sinds 2006 gemaximeerd op 172,9 miljoen kg fosfaat en 504,4 miljoen kg stikstof. Deze nationale mestproductieplafonds worden verlaagd naar het niveau van 2020, namelijk 150,7 miljoen kg fosfaat en 489,4 miljoen kg stikstof. Vervolgens vindt een graduele reductie plaats waarbij in 2025 minder dan 440 miljoen kg stikstof en 135 miljoen kg fosfaat wordt geproduceerd. Dit laatste betekent ten opzichte van de daadwerkelijke productie in 2021 (148 miljoen kg fosfaat en 471 miljoen kg stikstof) een reductie van bijna 9% fosfaat en ruim 10% stikstof. Het uitgangspunt van de Europese Commissie is om langs alle wateren in Europa bufferstroken van minimaal 3 meter breed te hanteren. Daarom zijn in de beschikking bredere bufferstroken opgenomen die ook voor de hele Nederlandse landbouwsector gaan gelden. Voor KRW-waterlichamen en ecologisch kwetsbare waterlopen is het uitgangspunt dat de bufferzone 5 meter bedraagt. Langs sloten die normaliter tussen 1 april en 1 oktober droog staan moet een bufferzone van 1 meter worden toegepast. Er mag een smallere bufferstrook langs watervoerende sloten en KRW-waterlichamen gehanteerd worden, indien de oppervlakte van de bufferstrook meer dan 4% van de oppervlakte van het perceel zou bedragen. Vanaf 2023 moeten alle landbouwbedrijven jaarlijks vóór het groeiseizoen een bemestingsplan opstellen. Met ingang van 1 januari 2024 wordt een elektronisch bemestingsregister ingevoerd, waarin de toepassing van meststoffen en de productie van mest is opgenomen. Alle bedrijven moeten hiervan vanaf 2025 gebruik maken. Het geautomatiseerde systeem voor verantwoording in realtime van mesttransporten (rVDM) moet per 1 januari 2023 worden ingevoerd.
Voor derogatiebedrijven gelden nog specifieke voorwaarden.