Opnieuw heeft een rechtbank in een zaak aangaande een natuurvergunning twijfels over de effectiviteit van emissiearme stalsystemen. Het ging in dit geval om een melkveebedrijf in de provincie Utrecht dat wou uitbreiden en de hogere ammoniakemissie wou compenseren door een emissiearm stalsysteem toe te passen (intern salderen). Enkele milieuorganisaties stelden beroep in tegen de door de provincie verleende vergunning. Het was volgens de rechtbank niet uitgesloten dat de uitbreiding significante gevolgen had voor het nabijgelegen Natura 2000-gebied. De rechtbank kwam tot deze conclusie op basis van twee deeloordelen. In de eerste plaats gaven de door de milieuorganisaties aangehaalde rapporten voldoende aanleiding om eraan te twijfelen dat de emissiefactoren uit de Regeling ammoniak en veehouderij (Rav) in redelijkheid gebruikt kunnen worden voor de beoordeling van de wijziging van een veehouderij met een emissiearm stalsysteem in een concreet geval. In de tweede plaats hoort bij het gehanteerde stalsysteem een leaflet, met daarin eisen met betrekking tot de technische uitvoering en het dagelijkse gebruik. Het Activiteitenbesluit Milieubeheer verplicht weliswaar de veehouderij om aan het leaflet te voldoen, maar de provincie heeft zelf niet de mogelijkheid hierop te controleren en handhavend op te treden bij een overtreding van die bepaling. Die bevoegdheid ligt alleen bij de gemeente. Of het emissiearme stalsysteem daadwerkelijk conform de leaflet gebruik zal worden, is daarom volgens de rechtbank onvoldoende zeker.