Sinds 1 januari 2020 is er alleen nog een natuurvergunning nodig als een project significante gevolgen heeft voor een Natura 2000-gebied. In januari 2020 oordeelde de Raad van State dat voor intern salderen geen vergunning meer nodig is. Als er toch een vergunning wordt aangevraagd, zal deze geweigerd worden (zogenaamde positieve weigering). Bedrijven zouden er in dat geval voor kunnen kiezen om te volstaan met een eigen berekening en geen vergunning aan te vragen. Maar is dat verstandig? Een veehouder vroeg een nieuwe natuurvergunning aan, maar de provincie weigerde deze te verlenen omdat sprake was van intern salderen. De veehouder stelde hiertegen beroep in bij de rechtbank, omdat hij meer rechtszekerheid wilde, bijvoorbeeld voor het doen van investeringen en/of het verkrijgen van financiering. De rekenwijze en de emissiefactoren worden immers regelmatig gewijzigd, waardoor een nieuwe berekening ineens wel tot een vergunningplicht kan leiden. De rechtbank oordeelde dat een positieve weigering in rechte aangevochten kan worden, dat dit besluit daarmee in rechte kan komen vast te staan en dat daarvan in een latere procedure uitgegaan moet worden. Een positieve weigering geeft daarmee evenveel rechten als een verleende natuurvergunning. De provincie had de aangevraagde vergunning daarom terecht niet verleend. Maar als een bedrijf volstaat met een eigen berekening, waaruit blijkt dat sprake is van intern salderen, en geen (nieuwe) natuurvergunning aanvraagt, kan er later wel een discussie ontstaan. Het kan daarom afhankelijk van de situatie toch zinvol zijn een vergunning aan te vragen, ondanks dat deze waarschijnlijk geweigerd wordt.