Er zijn nog diverse (veehouderij)bedrijven zonder natuurvergunning. Voor deze bedrijven is het raadzaam om zo spoedig mogelijk stappen te ondernemen om een vergunning aan te vragen. Dit is in de eerste plaats nodig om de huidige bedrijfsvoering te kunnen voortzetten. Anders kan de provincie op een gegeven moment gaan handhaven, al dan niet op verzoek van een ‘milieuvereniging’. Voor bedrijven die (op termijn) willen stoppen, is daarnaast een natuurvergunning een vereiste om de ammoniakrechten te kunnen verkopen. Het niet beschikken over een natuurvergunning kan ook leiden tot een randvoorwaardenkorting op de uitbetaling van de GLB-subsidies. Referentie Bedrijven die geen natuurvergunning hebben, vallen terug op een referentie uit het verleden. Deze referentie wordt gebaseerd op de stikstofdepositie van het aantal dieren dat op basis van een Melding of een Milieuvergunning gehouden mocht worden op de datum waarop een Natura-2000 gebied is aangewezen. Voor de Natura-2000 gebieden gelden de volgende aanwijsdata:
7 december 2004 voor Habitatrichtlijngebieden, of latere aanwijsdatum; 10 juni 1994 voor Vogelrichtlijngebieden, of latere aanwijsdatum.
Er mag echter niet in alle gevallen uitgegaan worden van de situatie op de referentiedatum. Als een op de referentiedatum geldende vergunning nadien is vervangen door een andere milieuvergunning kan daarin een activiteit zijn vergund die meer dan wel minder ammoniakemissie tot gevolg heeft dan de op de referentiedatum vergunde activiteit. Meer ammoniakemissie in vergunning na referentiedatum Indien na de referentiedatum een nieuwe milieuvergunning is afgegeven met een hogere ammoniakemissie, is de emissie op de referentiedatum het uitgangspunt voor een natuurvergunning. Minder ammoniakemissie in vergunning na referentiedatum Wanneer na de referentiedatum een nieuwe milieuvergunning is afgegeven met een lagere ammoniakemissie, is deze lagere emissie het uitgangspunt voor een natuurvergunning. PAS-meldingen Voor de bedrijven die binnen het Programma Aanpak Stikstof (PAS) een melding hebben gedaan en dus ook niet beschikken over een natuurvergunning, geldt een andere situatie. Het kabinet heeft aangegeven deze meldingen te willen legaliseren.Het is nog onduidelijk wanneer en hoe dit plaatsvindt.