Het Adviescollege Stikstofproblematiek heeft op 8 juni 2020 het eindadvies uitgebracht over de structurele aanpak voor de stikstofproblematiek. Ten aanzien van de landbouw benadrukt het Adviescollege het belang om te innoveren en te investeren in onder andere:
Beëindigingsmaatregelen zijn volgens het Adviescollege alleen zinvol als deze worden ingezet bij bedrijven met een relatief hoge depositielast op stikstofgevoelig Natura 2000-gebied en in situaties waarin geen mogelijkheden bestaan voor een transitie naar een emissieloze bedrijfsvoering.
Het kabinet neemt dit advies mee in de uitwerking van de landelijke beëindigingsregeling. De regeling zal een beoordelingsmechanisme bevatten waarmee zo kosteneffectief mogelijk de grootst mogelijke depositiereductie op een stikstofgevoelig Natura 2000-gebied kan worden bereikt. Daarnaast wordt de beëindigingsregeling opgeknipt in twee tranches, een van € 750 miljoen met een openstelling in 2021 en een van € 250 miljoen met een openstelling in 2024. Gelet op het feit dat innovatie op termijn kosteneffectiever kan zijn dan opkopen, zoals gesteld door het Adviescollege, zal in 2023 worden beoordeeld of innovatie meer stikstofreductie oplevert. Dan zal worden afgewogen hoe de tweede tranche met de meest kosteneffectieve stikstofreductie ingezet kan worden.