Voor het aanvragen van natuurvergunningen is de referentiesituatie van groot belang. Vaak is dat de situatie in 1994. In een aantal gevallen is er geen vergunning nodig, omdat er sprake is van intern salderen (huidige ammoniakemissie is niet hoger dan in de referentiesituatie). Het is wel belangrijk om in de administratie gegevens vast te leggen over de referentiesituatie, zoals tekeningen van de stallen en het aantal stalplaatsen.
Verleende hinderwet- of milieuvergunningen of meldingen wet milieubeheer zijn vaak wel op te vragen bij de gemeente of omgevingsdienst, maar tekeningen (met aantal stalplaatsen) ontbreken nogal eens. Door gegevens vast te leggen staat men sterker bij latere discussies.