Ook een onherroepelijke natuurvergunning is niet altijd definitief. Op grond van de Omgevingswet, gebaseerd op de Habitatrichtlijn, kan de overheid een natuurvergunning geheel of gedeeltelijk intrekken als dat noodzakelijk is om verslechtering van Natura 2000-gebieden te voorkomen. Intrekking is daarbij een uiterste maatregel en mag alleen worden toegepast als minder ingrijpende oplossingen onvoldoende resultaat opleveren. Een actueel voorbeeld is Noord-Brabant. De provincie is een procedure gestart om de natuurvergunningen van vijf piekbelastende pluimveebedrijven in te trekken. Volgens uitspraken van de rechtbank van 16 april 2025 moet de provincie maatregelen treffen die leiden tot een blijvende en substantiële vermindering van de stikstofbelasting in de betrokken Natura 2000-gebieden. De provincie heeft vervolgens besloten een procedure te starten om de natuurvergunningen van de vijf pluimveebedrijven in te trekken, omdat zij van oordeel is dat minder ingrijpende maatregelen onvoldoende resultaat hebben opgeleverd. De ingediende plannen om de stikstofemissie te reduceren hebben niet tot een ander besluit geleid. De betrokken ondernemers mogen wel 15 procent van de stikstofruimte behouden voor activiteiten zonder het houden van landbouwhuisdieren. Dit betekent niet dat iedere natuurvergunning in de buurt van een Natura 2000-gebied kan worden ingetrokken. De overheid moet per situatie zorgvuldig onderbouwen waarom intrekking noodzakelijk en evenredig is en waarom lichtere maatregelen niet volstaan. Tegen een ontwerp- en definitief intrekkingsbesluit kunnen vergunninghouders gebruikmaken van de gebruikelijke rechtsmiddelen.