Uit onderzoek blijkt dat bij mestscheiding en opslag van de dikke en dunne fractie daarna stikstofverliezen (N-verlies) optreden. Bij controles op de naleving van de gebruiksnormen en de verantwoordingsplicht past RVO daarom een correctie toe wanneer mest is gescheiden. Volgens de rekenregels wordt het N-verlies voor drijfmest van graasdieren berekend op totaal 3,2% van de stikstofinhoud van de ingaande mest en voor staldieren op 3,9%. De correctie geldt voor het jaar waarin de mest is gescheiden. Om deze correctie te kunnen uitvoeren is het van belang dat uit de administratie van de mestscheiding zorgvuldig blijkt:
Wanneer (en hoe vaak) de mestscheiding heeft plaatsgevonden (factuur en betalingsbewijs); De hoeveelheid en soort drijfmest die is gescheiden; Het N-gehalte van de ingaande meststroom.
Wanneer uit administratie niet of onvoldoende blijkt dat er mestscheiding heeft plaatsgevonden, zal er geen correctie voor eventuele stikstofverliezen worden toegepast. Dit is ook het geval wanneer wordt uitgegaan van de forfaitaire gegevens.