Bij het aanvragen van een natuurvergunning moet rekening worden gehouden met alle bronnen van stikstofuitstoot van het bedrijf. Dit betekent dat ook verkeersbewegingen (bijv. werkzaamheden op het bedrijf, aan- en afvoer van dieren, aanvoer veevoer) meegenomen moeten worden. Dit zal vervolgens vergeleken moeten worden met de referentiesituatie (situatie op moment aanwijzing Natura 2000-gebieden). Als er in de afgelopen jaren een natuurvergunning werd verleend, werd daarin meestal niet de stikstofdepositie door verkeersbewegingen meegenomen. Dit zou betekenen dat er louter door het nu wel meenemen van de verkeersbewegingen een toename van de stikstofdepositie zou ontstaan, waardoor dieren zouden moeten worden ingeleverd of er stikstofrechten zouden moeten worden verworven van derden. De Raad van State heeft echter op 18 november 2020 geoordeeld dat als voor een bepaald project (bijv. een veehouderijbedrijf) een natuurvergunning is verleend, dat die ook is verleend voor de daarmee gepaard gaande verkeersbewegingen. Dat betekent dat de stikstofuitstoot als gevolg van die verkeersbewegingen meegenomen mogen worden in de berekening van de depositie in de referentiesituatie en er in die zin dus geen dieren behoeven te worden ingeleverd voor de uitstoot als gevolg van de verkeersbewegingen.