Vanwege het stikstofprobleem is het voor veel initiatieven lastig om een natuurvergunning te krijgen. Als één van de oplossingen hebben de provincies gezamenlijk een Stikstofbank ontwikkeld. Dit registratiesysteem moet een extra mogelijkheid bieden om natuurvergunningen te verlenen voor initiatieven waarbij stikstof wordt uitgestoten. Het gaat daarbij om projecten waarvan de stikstofuitstoot zich in kleine hoeveelheden verspreidt over veel gebieden. Daarnaast kunnen provincies er specifieke projecten mee realiseren met maatschappelijk relevante doelen. De Stikstofbank bestaat uit één microdepositiebank en meerdere doelgebonden depositiebanken (doelenbanken).
Er is sprake van microdepositie bij een stikstofneerslag van hooguit 0,05 mol per hectare per jaar. Sommige initiatieven hebben een hele dunne wolk van stikstof en laten daarom zeer kleine hoeveelheden stikstof neerslaan op een groot aantal Natura 2000-gebieden. Voor een initiatiefnemer is het lastig om hiervoor zelf vergunningruimte te organiseren. Met ruimte uit de Stikstofbank proberen provincies deze initiatieven toch door te laten gaan. Ook veehouders kunnen hier een beroep op doen.
Provincies kunnen afzonderlijk een beperkt aantal zogenoemde ‘doelenbanken’ oprichten voor een specifiek doel. Daarbij moet gedacht worden aan doelen met een groot maatschappelijk belang, waarmee bijvoorbeeld banen gecreëerd worden. De ruimte hiervoor moet komen van maatregelen die de uitstoot van stikstof ergens anders beperken. Dit zijn geen bronmaatregelen die nodig zijn voor het verbeteren van natuur.
De Stikstofbank zal eerst gevuld moeten worden met stikstofruimte, voordat er vergunningen aangevraagd kunnen worden met ruimte uit deze bank. De Raad van State heeft in het verleden gesteld dat er samenhang moet zijn tussen het vrijkomen van stikstofruimte en de beschikbaarstelling voor nieuw project. Wanneer dit juridisch niet goed geregeld is, zal een natuurvergunning niet overeind blijven bij de Raad van State. Daarom heeft (vooralsnog) het regelen van een natuurvergunning via intern of extern salderen de voorkeur.